scipyで階層的クラスタリングの樹形図を書く時に上位のクラスタのみ表示する

以前書いた、 scipyで階層的クラスタリング の記事の続きです。

階層的クラスタリングを行って結果を樹形図(デンドログラム)で表示すると、元のデータが多い場合は非常にみづらいものになります。
このような時は、樹形図の表示を途中で打ち切って必要なクラスタ分だけ表示するとクラスタ間の関係が掴みやすくなります。
scipyのdendrogram関数では、 truncate_mode というオプションが用意されており、これと、 値pを適切に指定することで実現できます。
ドキュメント: scipy.cluster.hierarchy.dendrogram

truncate_mode はNone, lastp, levelの3つの値を取ります。
Noneがデフォルト、lastpがデンドログラムの上から数えてp個のノードを残す、
levelは逆に下から数えて、各ノードがp回マージされるように動きます。

それぞれ動かしてみましょう。
truncate_mode=”lastp”, p=16

truncate_mode=”level”, p=3
の場合に、表示されるノードがどちらも16個になるので、動きの違いも見ておきます。


from sklearn.datasets import load_iris
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster.hierarchy import linkage
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram

# データ取得。
X = load_iris().data

# ユークリッド距離とウォード法を使用してクラスタリング
z = linkage(X, metric='euclidean', method='ward')

# 結果を可視化
fig = plt.figure(figsize=(8, 15), facecolor="w")
ax = fig.add_subplot(3, 1, 1, title="樹形図: 全体")
dendrogram(z)
ax = fig.add_subplot(3, 1, 2, title="樹形図: lastp 16")
dendrogram(z, truncate_mode="lastp", p=16)
ax = fig.add_subplot(3, 1, 3, title="樹形図: level 3")
dendrogram(z, truncate_mode="level", p=3)
plt.show()

結果がこちら。

truncate_mode=”lastp” は、樹形図全体の上部の部分をそのまま切り出したものになっていて、
truncate_mode=”level” の方は、各枝に至るまでの分岐回数が一定になっているのがわかります。
また、どちらも図がすっきりしてみやすくなりました。

Optunaで学習曲線を可視化する

Optunaの機能や挙動についてもっとしっかり理解したいので、うまい可視化の方法を考えていたのですが、
ドキュメント中に、Visualizationのセクションを見つけたので、
まずはこれを試してみることにしました。

現段階(version 0.16.0)では、定義されている関数は
optuna.visualization.plot_intermediate_values(study)
だけのようなのでこれを試します。
(最初に試した時、 Plotly が入ってないという警告が出たのでpipインストールしておきます。)

早速使ってみると、次のようにトライアルごとの学習の進捗が可視化できました。

Optunaで枝刈りも使ってKerasのパラメータチューニングの記事で紹介したコードを動かした後に、jupyterで次のコードを実行します。


optuna.visualization.plot_intermediate_values(study)

jupyterで動かすと、マウスカーソルを当てた時にそれぞれの線が何回めのトライアルなどかなどの情報がポップアップされるので、
ぜひ試していただきたいです。
pngエクスポート機能もあり、それで出力した画像がこちら。

見込みがない試行がさっさと打ち切られているのがわかります。
(正解率が低いのに最後まで走ってるのは序盤の試行です。)

トレジャーデータで列名の一覧を出力する

注意:Prestoの方でクエリを書いていることを前提とします。

トレジャーデータを使っていて、各DBのそれぞれのテーブル毎の列名の一覧を取得したくなったのでその方法のメモです。

対象のテーブルが少なければ、
DESCRIBE table_name
を順番に実行すれば十分ですが、対象テーブルが多くなるとこれでは大変です。

この場合、Presotのメタデータにアクセスすると手軽に列名の一覧を得ることができます。

FAQの次の質問が参考になります。
23. How do I access TD table metadata using Presto?

クエリをそのまま引用します。


# List TD Databases
SELECT * from information_schema.schemata

# List TD Tables
SELECT * from information_schema.tables

# List all column metadata
SELECT * from information_schema.columns

このうち、3番目の
SELECT * from information_schema.columns
を使うと、DB、テーブル、列を含む情報を取得できます。
不要な情報もあるので、自分は次の形で使うことが多いです。


SELECT
    table_schema,
    table_name,
    column_name
FROM
    information_schema.columns

通常のSELECTと同じように、WHERE句で特定のDB(schema)のみなどの条件をつけることもできます。

Optunaの枝刈りの基準を変更する

前回の記事: Optunaで枝刈りも使ってKerasのパラメータチューニング
の続きです。

Kerasのパラメーターチューニングの中で、枝刈りを使ってみたのですが
100回の試行の中で最後まで走ったのが1/5の19回だけというのは少し不安です。
もしかしたらこのくらいで適切なのかもしれませんが、まだ慣れないライブラリなのでよく感覚がつかめていません。

ということで、もう少し枝刈りの基準を緩める方法を探しました。
そのためには、別のPrunerを使うと良いようです。
前回の記事で使ったのは、MedianPruner という、それまでの試行の中央値より成績が悪ければ打ち切るPrunerでした。
ただ、探索対象のパラメーターの中に学習率等も入っていましたし、序盤のepockで成績が悪くても最終的に高い成果をあげるものもある気がします。

そこで、PercentilePrunerを試してみます。
ドキュメントはこちら。 

percentile – Percentile which must be between 0 and 100 inclusive (e.g., When given 25.0, top of 25th percentile trials are kept).

とある通りなので、上位60パーセンタイルくらいを許容するようにすれば、中央値(50パーセンタイル)を基準にするより緩くなりそうです。
(ちなみに75パーセンタイルで試したらなかなか枝刈りされなくなりました。)

前回のコードのprunerを指定してる部分を次のように書き換えて試してみます。


study = optuna.create_study(
                direction="maximize",
                # pruner=optuna.pruners.MedianPruner()
                pruner=optuna.pruners.PercentilePruner(60.0)
            )

最終的な結果はこちら。
試行のうち、39回は最後まで走るようになり、
正解率も前回の 0.92734375より少し良くなりました。
(この後も何度か試しましたが、必ずしよくなるわけではないです。)


"""
Study statistics: 
  Number of finished trials:  100
  Number of pruned trials:  61
  Number of complete trials:  39
Best trial:
  Value:  0.928125
  Params: 
    n_layers: 1
    n_units_l0: 126.84330007270901
    dropout_l0: 0.4023051335982798
    lr: 0.007029694763599239
"""

今回は、Prunerを変更することで枝刈りの具合を調整できるということが確認できました。
また、結果的に枝刈りが少ない方が最終的な成績は少しだけ良かったのですが、その差は軽微であることもわかりました。
今回かなり小さなデータで試しているのですが、
本当に学習に長時間かかるモデルを試す場合は、もっと高頻度に枝刈りする方がよい場合もありそうです。

Optunaで枝刈りも使ってKerasのパラメータチューニング

少し間が空きましたが、再びOptunaの記事です。
今度はKerasのモデルのパラメーターをチューニングしてみます。
その際、枝刈りも使いました。

Optunaに、Keras用のコールバックが用意されていて、
これを使うと、エポック毎に判定が走り、学習が十分進んでいないと学習を打ち切ってくれるので、
効率的に探索ができます。
classoptuna.integration.KerasPruningCallback

githubのサンプルコードを(少しだけ修正しましたが)ほぼ写経しながら、
コードを書いてみました。


import keras
from keras.datasets import mnist
from keras.utils import to_categorical
from keras.layers import Dense
from keras.layers import Dropout
from keras.models import Sequential
import optuna
from optuna.integration import KerasPruningCallback

# 訓練データとテストデータの件数を指定
N_TRAIN_EXAMPLES = 3840
N_TEST_EXAMPLES = 1280
BATCHSIZE = 128
CLASSES = 10
EPOCHS = 20

# MNISTのデータを準備
(x_train, y_train), (x_test, y_test) = mnist.load_data()
# 特徴量を0~1に正規化する
x_train = x_train.reshape(60000, 784)[:N_TRAIN_EXAMPLES]/255
x_test = x_test.reshape(10000, 784)[:N_TEST_EXAMPLES]/255

# ラベルを1 hot 表現に変換
y_train = to_categorical(y_train[:N_TRAIN_EXAMPLES], CLASSES)
y_test = to_categorical(y_test[:N_TEST_EXAMPLES], CLASSES)


def create_model(trial):
    """MLPモデルの構築
    """

    # 層の数を選択する
    n_layers = trial.suggest_int("n_layers", 1, 3)
    model = Sequential()
    for i in range(n_layers):
        num_hidden = int(
                            trial.suggest_loguniform(
                                    f"n_units_l{i}",
                                    4,
                                    128
                                )
                            )
        model.add(Dense(num_hidden, activation="relu"))
        dropout = trial.suggest_uniform(f"dropout_l{i}", 0.2, 0.5)
        model.add(Dropout(rate=dropout))
    model.add(Dense(CLASSES, activation="softmax"))

    # 学習率も最適化する。
    lr = trial.suggest_loguniform("lr", 1e-5, 1e-1)
    model.compile(loss="categorical_crossentropy",
                  optimizer=keras.optimizers.RMSprop(lr=lr),
                  metrics=["acc"])

    return model


def objective(trial):
    # 前のセッションをクリアする
    keras.backend.clear_session()
    # モデル作成
    model = create_model(trial)

    # モデルの学習
    # KerasPruningCallbackでepoch毎に枝刈りの判定。
    model.fit(
        x_train,
        y_train,
        batch_size=BATCHSIZE,
        callbacks=[KerasPruningCallback(trial, "val_acc")],
        epochs=EPOCHS,
        validation_data=(x_test, y_test),
        verbose=2
    )

    # モデルの評価
    score = model.evaluate(x_test, y_test, verbose=0)
    return score[1]


study = optuna.create_study(
                direction="maximize",
                pruner=optuna.pruners.MedianPruner()
            )
study.optimize(objective, n_trials=100)
pruned_trials = [t for t in study.trials if t.state == optuna.structs.TrialState.PRUNED]
complete_trials = [t for t in study.trials if t.state == optuna.structs.TrialState.COMPLETE]
print("Study statistics: ")
print("  Number of finished trials: ", len(study.trials))
print("  Number of pruned trials: ", len(pruned_trials))
print("  Number of complete trials: ", len(complete_trials))

# 結果の表示
print("Best trial:")
trial = study.best_trial
print("  Value: ", trial.value)
print("  Params: ")
for key, value in trial.params.items():
    print(f"    {key}: {value}")

"""
探索・学習中に出てくる大量の出力は省略。

Study statistics: 
  Number of finished trials:  100
  Number of pruned trials:  81
  Number of complete trials:  19
Best trial:
  Value:  0.92734375
  Params: 
    n_layers: 1
    n_units_l0: 114.75796459517468
    dropout_l0: 0.3088006045981605
    lr: 0.0035503337631505026

"""

100回のトライアルのうち、最後まで走ったのは19回だけのようです。
もっと色々なパターンを試さないと、これがどれほど効率的なのかと、
最終的な結果がどれだけ優れてるのかってのは判断しかねるのですが、
データが少ない中で90%程度の正解率も出していますし、
これまでMNISTを触ってきた経験からあまり違和感のないパラメータが選ばれている感じはします。

create_model の中で、最初に選ばれるlayerの数によって、
ユニットの数やdropoutの割合のなどのパラメーター数が変わるのですが、
Optunaならそのあたりもかなり柔軟にかけることを実感できました。

参考ですが、n_layersが3だったtraialでは、次のようにパラメータが多くサンプリングされています。


print(study.trials[3].params)
"""
{
    'n_layers': 3,
    'n_units_l0': 8.18713988230328,
    'dropout_l0': 0.3510040004516323,
    'n_units_l1': 99.80407964220358,
    'dropout_l1': 0.22630235294167378,
    'n_units_l2': 6.585776717612663,
    'dropout_l2': 0.3731719751601379,
    'lr': 0.000710144846966038
}
"""

なお、n_layersは1の方が良いようで、かなり早い段階で、1の場合ばかり探索されるようになっています。
時短のためデータを減らしているのも影響していそうですね。


print([study.trials[i].params["n_layers"] for i in range(100)])
"""
[3, 1, 1, 3, 2, 2, 2, 1, 1, 3, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 2, 1, 1, 2,
 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 3, 1, 1, 2, 1, 1,
 2, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
 2, 1, 1, 3, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1]
"""

np.nonzero()を応用して配列中の条件を満たす要素のインデックスを取得する

前回の記事の応用版です。
参考: Numpy配列の非ゼロ要素のインデックスを取得する

非ゼロに限らず、何か特定の条件を満たす要素を抽出したい場面はよくあります。
(正の数だけとか、数値以外の条件とか)
その場合も、nozeroを使うことができます。

これは、Pythonのbool型の値、Flaseが0と見なされることを利用します。
対象の行列に対して、各要素が条件を満たすかどうかを
bool型(True/False)で示す配列を作り、それに対してnonzero()を使います。

前回の記事で使った行列の例を使って、
値が奇数の要素のインデックスを取り出してみましょう。


import numpy as np

# データの準備
ary = np.array(
        [
            [0, 0, -2, 0],
            [1, 0, 2, 0],
            [0, 0, 1, 0],
            [3, 0, 0, 0],
        ]
    )

# 奇数要素のインデックスを取得する。
xx, yy = np.nonzero(ary % 2 == 1)
for x, y in zip(xx, yy):
    print(f"ary[{x}, {y}]={ary[x, y]}")

"""
ary[1, 0]=1
ary[2, 2]=1
ary[3, 0]=3
"""

Numpy配列の非ゼロ要素のインデックスを取得する

とある大き目のマトリックスを対象にゼロでない要素のインデックス(行番号と列番号)を取得する必要があったので、
スマートな方法を探しました。
全部の行と列を2重のfor文で探索すればできるのですがあまりにも無駄が多い気がしましたので。

結果的に、nonzeroという、ずばりそのままの名前の関数があったのでそれを使っています。
ドキュメント: numpy.nonzero

まず、1次元の配列に対してやって見ましょう。


import numpy as np
ary1 = np.array([0, 0, 5, 3, 0, -1, 0])

# 非ゼロ要素のインデックスを取得する
print(np.nonzero(ary1))
# (array([2, 3, 5]),)

# 別の書き方
print(ary1.nonzero())
# (array([2, 3, 5]),)

# 非ゼロ要素の値を取得する
print(ary1[ary1.nonzero()])
# [ 5  3 -1]

てっきり、array([2, 3, 5]) が戻ってくると予想していたのに、
(array([2, 3, 5]),) というタプルの形で結果が戻ってくる点に注意が必要です。
ただ、上の例の最後に挙げたように、スライスとして使いやすいので便利です。

続いて、2次元配列、要するに行列でやってみましょう。


ary2 = np.array(
        [
            [0, 0, -2, 0],
            [1, 0, 2, 0],
            [0, 0, 1, 0],
            [3, 0, 0, 0],
        ]
    )
print(ary2.nonzero())
# (array([0, 1, 1, 2, 3]), array([2, 0, 2, 2, 0]))

これも直感的には[(0, 2), (1, 0), (1, 2), …]みたいなのが戻ってくると思ったら違う形で帰ってきました。
これは次のようにすると、非ゼロ要素に対する操作を行う場合は次のように使います。(一例です。)


xx, yy = ary2.nonzero()
for x, y in zip(xx, yy):
    print(x, y)
"""
0 2
1 0
1 2
2 2
3 0
"""

また、1次元の場合と同じ様に次のようにしてスライスとして使えます。


print(ary2[ary2.nonzero()])
# [-2  1  2  1  3]

Optunaで枝刈りをやってみる

自分がいつも使っているhpyeroptではなく、新たにOptunaを覚えて使ってみようと思ったメインの目的が、枝刈りの機能です。
これは要するに、学習の途中で見込みのないハイパーパラメーターは処理を打ち切ってしまって、
短時間で効率的に探索を進めようという機能です。

チュートリアルとしてはこちらにコードのサンプルがあります。
Pruning Unpromising Trials

また、打ち切りに使う基準には複数のアルゴリズムが使え、こちらのページにリファレンスがあります。
Pruners

では早速やってみましょう。コードはチュートリアルの例をベースに少し書き直しました。


from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn.linear_model import SGDClassifier
from sklearn.model_selection import train_test_split
import optuna

iris = load_iris()
classes = list(set(iris.target))

train_x, test_x, train_y, test_y = \
    train_test_split(iris.data, iris.target, test_size=0.25, random_state=0)


def objective(trial):

    alpha = trial.suggest_loguniform('alpha', 1e-5, 1e-1)
    clf = SGDClassifier(alpha=alpha)

    for step in range(100):
        clf.partial_fit(train_x, train_y, classes=classes)

        # Report intermediate objective value.
        intermediate_value = 1.0 - clf.score(test_x, test_y)
        trial.report(intermediate_value, step)

        # Handle pruning based on the intermediate value.
        if trial.should_prune():
            print("step", step, "で打ち切り")  # 何回めのエポックで打ち切ったか見るために追加
            raise optuna.structs.TrialPruned()
    return 1.0 - clf.score(test_x, test_y)


# Set up the median stopping rule as the pruning condition.
study = optuna.create_study(pruner=optuna.pruners.MedianPruner())
study.optimize(objective, n_trials=20)
print(study.best_params)
print(study.best_value)

出力は次のようになります。


[I 2019-10-09 00:45:38,562] Finished trial#0 resulted in value: 0.368421052631579. Current best value is 0.368421052631579 with parameters: {'alpha': 0.0002196017670543267}.
[I 2019-10-09 00:45:38,757] Finished trial#1 resulted in value: 0.10526315789473684. Current best value is 0.10526315789473684 with parameters: {'alpha': 0.0006773222557376204}.
[I 2019-10-09 00:45:38,967] Finished trial#2 resulted in value: 0.39473684210526316. Current best value is 0.10526315789473684 with parameters: {'alpha': 0.0006773222557376204}.
[I 2019-10-09 00:45:39,201] Finished trial#3 resulted in value: 0.02631578947368418. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:39,462] Finished trial#4 resulted in value: 0.3421052631578947. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:39,758] Finished trial#5 resulted in value: 0.3157894736842105. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:40,094] Finished trial#6 resulted in value: 0.052631578947368474. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
step 4 で打ち切り
[I 2019-10-09 00:45:40,126] Setting status of trial#7 as TrialState.PRUNED. 
step 1 で打ち切り
[I 2019-10-09 00:45:40,211] Setting status of trial#8 as TrialState.PRUNED. 
[I 2019-10-09 00:45:40,625] Finished trial#9 resulted in value: 0.39473684210526316. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:41,195] Finished trial#10 resulted in value: 0.07894736842105265. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:41,675] Finished trial#11 resulted in value: 0.02631578947368418. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:42,132] Finished trial#12 resulted in value: 0.23684210526315785. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:42,605] Finished trial#13 resulted in value: 0.3157894736842105. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
step 11 で打ち切り
[I 2019-10-09 00:45:42,691] Setting status of trial#14 as TrialState.PRUNED. 
[I 2019-10-09 00:45:43,242] Finished trial#15 resulted in value: 0.07894736842105265. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
[I 2019-10-09 00:45:43,894] Finished trial#16 resulted in value: 0.02631578947368418. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
step 1 で打ち切り
[I 2019-10-09 00:45:43,929] Setting status of trial#17 as TrialState.PRUNED. 
step 1 で打ち切り
[I 2019-10-09 00:45:44,067] Setting status of trial#18 as TrialState.PRUNED. 
[I 2019-10-09 00:45:44,756] Finished trial#19 resulted in value: 0.1842105263157895. Current best value is 0.02631578947368418 with parameters: {'alpha': 0.0037602050725428606}.
{'alpha': 0.0037602050725428606}
0.02631578947368418

〜 as TrialState.PRUNED. とメッセージが出てるのを見るとわかる通り、結構な頻度で早い段階で打ち切られています。
alpha や intermediate_value の値も随時print出力すると、挙動の理解が深まるのでおおすすめです。

さて、期待の時間短縮効果ですが、試してみたところこの例ではほとんどないどころか、余計に時間がかかるようでした。
コード中の以下の部分をコメントアウトして実行すると、もっと早く探索が終わります。


        # Report intermediate objective value.
        intermediate_value = 1.0 - clf.score(test_x, test_y)
        trial.report(intermediate_value, step)

        # Handle pruning based on the intermediate value.
        if trial.should_prune():
            print("step", step, "で打ち切り")  # 何回めのエポックで打ち切ったか見るために追加
            raise optuna.structs.TrialPruned()

時間が余計にかかるようになってしまった原因は、
intermediate_value = 1.0 – clf.score(test_x, test_y)
の部分で、評価を頻繁に行っているせいだと思われます。

partial_fit にもっと長時間かかるサンプルであればきっと時短効果が得られると思うので、
次はそういう例で試そうと思います。

Optunaでscikit-learnのパラーメーター最適化

前回に続いてOptunaの記事です。
今回はscikit-learnのモデルをチューニングしてみましょう。

ドキュメントのうち、最初に読むのはこちら。
Advanced Configurations
少々分かりにくいですが、これでカテゴリカルナ値や、一様分布、対数一様分布からのサンプリング方法が分かります。
ただ、全然具体的で無いので、githubの方にあるexamplesもみましょう。
https://github.com/pfnet/optuna/tree/master/examples

今回のコードはその中にある、 sklearn_simple.py を参考にして書きました。
(自分の理解のため、少々アレンジしていますが、元々のより良いものにはなって無いです)

データは定番のirisを使い、SVMとランダムフォレストの二つのモデルで、それぞれ1種類ずつパラメーターを最適化し、
最も良いものを探索しています。


import optuna
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.svm import SVC
iris = load_iris()
X = iris.data
y = iris.target
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2)


def objective(trial):

    classifier_name = trial.suggest_categorical(
                        'classifier',
                        ['SVC', 'RandomForest']
                    )
    if classifier_name == 'SVC':
        svc_c = trial.suggest_loguniform('svc_c', 1e-10, 1e10)
        classifier_obj = SVC(C=svc_c, gamma='auto')
    else:
        rf_max_depth = int(trial.suggest_int('rf_max_depth', 2, 32))
        classifier_obj = RandomForestClassifier(
                max_depth=rf_max_depth,
                n_estimators=10
        )
    classifier_obj.fit(X_train, y_train)
    return classifier_obj.score(X_test, y_test)


study = optuna.create_study(direction='maximize')
study.optimize(objective, n_trials=100)
print(study.best_trial)

# 出力結果
"""
FrozenTrial(number=15, state=,
 value=1.0, datetime_start=datetime.datetime(2019, 10, 8, 0, 43, 30, 243112),
 datetime_complete=datetime.datetime(2019, 10, 8, 0, 43, 30, 310756),
 params={'classifier': 'RandomForest', 'rf_max_depth': 10},
 distributions={'classifier': CategoricalDistribution(choices=('SVC', 'RandomForest')),
 'rf_max_depth': IntUniformDistribution(low=2, high=32)},
 user_attrs={}, system_attrs={'_number': 15},
 intermediate_values={}, trial_id=15)
"""

今回は RandomForest で、 rf_max_depth を 10とするのが最適だったようです。
(実行するたびに結果が変わります。)

これはこれで非常に単純な例なのですが、それでも、最初のカテゴリカル変数によって以降の変数たちを
if文で場合分けしてかけるなど、hyperoptに比べて柔軟な探索ができる、ってのは少しわかったような気がします。
(もっとも、このくらいならhpyeroptでも探索できるので、真価が発揮されるのはもっと複雑な例の時だと思います。)

Optunaを触ってみた

早く試さないといけないといけないと思いながら先延ばしにしていたOptunaをいよいよ触ってみました。

公式ページ: Optuna – A hyperparameter optimization framework
ドキュメント: Welcome to Optuna’s documentation! — Optuna 0.16.0 documentation

まずはインストールと、最も簡単なサンプルから動かしてみましょう。コードはチュートリアルの写経です。

インストールはpipでできました。


$ pip install optuna

そして、チュートリアルの First Optimization をみて、
2次関数の最小値を求めてみましょう。


import optuna
def objective(trial):
    x = trial.suggest_uniform('x', -10, 10)
    return (x - 2) ** 2


study = optuna.create_study()
study.optimize(objective, n_trials=100)

# 結果表示
print(study.best_params)
# {'x': 1.9825559314627845}
print(study.best_value)
# 0.0003042955271310708

正しそうな結果が得られていますね。

study.optimizeを繰り返し実行することで、追加で探索することもできるようです。
これは便利そう。


# この時点での探索回数
print(len(study.trials))
# 100

# 追加で探索する
study.optimize(objective, n_trials=100)

# 結果表示
print(study.best_params)
# {'x': 1.9857135612242507}
print(study.best_value)
# 0.00020410233289323346
print(len(study.trials))
# 200

とりあえず一番シンプルな例は試したということで、今後もっと実用的な例を試していきたいと思います。
感想としては、hyperoptとほとんど同じように使えるという噂を聞いていたのですが、若干使用感は違うかなぁという気もします。
ただ、最近は Optuna のほうが良い評判を聞くことが多いのでこれに慣れていった方がよさそうです。

参考: hyperoptのインストールと最も簡単な例