Macにpyenvをインストールすると、brew doctorでwarningが出るようになります。

yutaro の部分はそれぞれの環境のユーザー名で読み替えてください。

$ brew doctor
Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
working fine: please don't worry or file an issue; just ignore this. Thanks!

Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.
`./configure` scripts often look for *-config scripts to determine if
software packages are installed, and what additional flags to use when
compiling and linking.

Having additional scripts in your path can confuse software installed via
Homebrew if the config script overrides a system or Homebrew provided
script of the same name. We found the following "config" scripts:

要するに、 PATH の中に、 Homebrewが知らない -config ファイルがあると文句を言っています。
環境変数のPATHを確認すると、.pyenv/shims: が追加されているのでこれが問題です。

$ echo $PATH

対応としては、brewコマンドを実行する時だけ、PATHから、 .pyenvディレクトリを外します。

alias brew="env PATH=${PATH/\/Users\/yutaro\/\.pyenv\/shims:/} brew"


$ brew doctor
Your system is ready to brew.