kerasで作成したモデルの保存と読み込み

kerasで作成したモデルを保存したり、次回使うときに読み込んだりする方法のメモです。

とりあえず、modelという変数に学習済みのモデルが格納されているとします。
(前回の記事のモデルです。)

 


model.summary()

# 以下出力
_________________________________________________________________
Layer (type)                 Output Shape              Param #   
=================================================================
dense_1 (Dense)              (None, 16)                48        
_________________________________________________________________
dense_2 (Dense)              (None, 1)                 17        
=================================================================
Total params: 65
Trainable params: 65
Non-trainable params: 0
_________________________________________________________________

pythonでオブジェクトを保存するときは、pickleを使うことが多いですが、
kerasではその方法は推奨しないと明記されています。

How can I save a Keras model?

It is not recommended to use pickle or cPickle to save a Keras model.

その代わりに、saveやload_modelというメソッドが用意されていて、
HDF5形式で保存や読み込みができます。


# 保存
model.save("model.h5")

# 読み込み
from keras.models import load_model
model_0 = load_model("model.h5")

kerasで簡単なモデルを作成してみる

前回の記事でkerasを使えるようにしたので、
動作確認を兼ねて非常に単純なモデルを作ってみました。

線形分離可能なサンプルではつまらないので、半径の異なる2円のToyDataでやってみましょう。
scikit-learnにmake_circlesという関数があるので、これを使います。

早速データを生成して訓練データとテストデータに分け、訓練データの方を可視化してみます。


# 必要なモジュールのインポート
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.datasets import make_circles
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.metrics import classification_report
from keras.models import Sequential
from keras.layers.core import Dense

# データの準備
data, target = make_circles(n_samples=2000, noise=0.2, factor=0.3)
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(
                                            data,
                                            target,
                                            test_size=0.2,
                                            stratify=target
                                        )
# 訓練データの可視化
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = fig.add_subplot(1, 1, 1, aspect='equal', xlim=(-2, 2), ylim=(-2, 2))
ax.scatter(X_train[y_train == 0, 0], X_train[y_train == 0, 1], marker="o")
ax.scatter(X_train[y_train == 1, 0], X_train[y_train == 1, 1], marker="x")
plt.show()

これが出力された散布図です。
一部ノイズはありますが概ね綺麗に別れていて、動作確認には手頃な問題になっていると思います。

早速ですが、kerasでモデルを作っていきます。
kerasのドキュメントはここです。日本語版があって便利ですね。
特に何も考えず、中間層が1層あるだけのシンプルなニューラルネットワークで作ります。
とりあえず動けば良いので、今回はDropoutもCallbackもなしで。


# モデルの構築
model = Sequential()
model.add(Dense(16, activation='tanh', input_shape=(2,)))
model.add(Dense(1, activation='sigmoid'))
model.summary()
model.compile(
        optimizer='adam',
        loss='binary_crossentropy',
        metrics=['acc']
)

# 以下、出力
_________________________________________________________________
Layer (type)                 Output Shape              Param #   
=================================================================
dense_1 (Dense)              (None, 16)                48        
_________________________________________________________________
dense_2 (Dense)              (None, 1)                 17        
=================================================================
Total params: 65
Trainable params: 65
Non-trainable params: 0
_________________________________________________________________

モデルができたので、学習させます。
epochsもbatch_sizeも適当です。


# 学習
history = model.fit(
                    X_train,
                    y_train,
                    epochs=100,
                    batch_size=32,
                    validation_data=[X_test, y_test]
            )

正常に学習が進んだことを確認するために、
損失関数と正解率の変動を可視化してみましょう。


# Epoch ごとの正解率と損失関数のプロット
fig = plt.figure(figsize=(12, 12))
ax = fig.add_subplot(2, 1, 1, title="loss")
ax.plot(history.epoch, history.history["loss"], label="train_loss")
ax.plot(history.epoch, history.history["val_loss"], linestyle="-.", label="val_loss")
ax.legend()
ax = fig.add_subplot(2, 1, 2, title="acc")
ax.plot(history.epoch, history.history["acc"], label="train_acc")
ax.plot(history.epoch, history.history["val_acc"], linestyle="-.", label="val_acc")
ax.legend()
plt.show()

できたグラフがこちら。
順調に学習できていますね。

訓練データで評価してみましょう。
もともとやさしい問題なので、なかなかの正解率です。


print(classification_report(y_train, model.predict_classes(X_train)))

# 出力結果
             precision    recall  f1-score   support

          0       0.95      0.96      0.95       800
          1       0.96      0.95      0.95       800

avg / total       0.95      0.95      0.95      1600

最後に、決定境界を可視化してみます。
以前紹介した、等高線のプロットを使います。


# 決定境界の可視化
X_mesh, Y_mesh = np.meshgrid(np.linspace(-2, 2, 401), np.linspace(-2, 2, 401))
Z_mesh = model.predict_classes(np.array([X_mesh.ravel(), Y_mesh.ravel()]).T)
Z_mesh = Z_mesh.reshape(X_mesh.shape)
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = fig.add_subplot(1, 1, 1, aspect='equal', xlim=(-2, 2), ylim=(-2, 2))
ax.contourf(X_mesh, Y_mesh, Z_mesh, alpha=0.2)
plt.scatter(X_test[y_test == 0, 0], X_test[y_test == 0, 1], marker="o")
plt.scatter(X_test[y_test == 1, 0], X_test[y_test == 1, 1], marker="x")
plt.show()

出力がこちら。
真円にはなっていませんが、きちんと円の内側と外側にデータを分離できました。

Tensorflowをインストールしようとしたら出たエラー

MacのOSをMojaveにあげてから、Homebrewや、pyenvなどを全部入れ直しになってしまったので、
TensorflowやKeras も消えてしまっていましたと。

ということで、サクッと pip インストールを試みたのですが、
下記のエラーが出て失敗しました。

~$ pip install tensorflow
Collecting tensorflow
  Could not find a version that satisfies the requirement tensorflow (from versions: )
No matching distribution found for tensorflow

原因はpythonのバージョンが 3.7.0だったことです。

こちらの記載を見ると、3.4〜3.6じゃないとダメだと書いてあります。
Install TensorFlow with pip
Requires Python 3.4, 3.5, or 3.6

みなさんいろんな方法で回避をここみられていますが、
まぁ、せっかくpyenvで仮想環境として構築しているので、もっと古いバージョンの仮想環境を作りましょう。

ちなみに今入っているバージョンは
anaconda3-5.3.1
です。

anacondaのバージョンとpythonのバージョンの対応表があれば便利なのですが、なかなか見つかりません。
とりあえず、 anaconda3-5.2.0 を試してみましょう。


$ pyenv install anaconda3-5.2.0
$ pyenv global anaconda3-5.2.0
$ python --version
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

運良く? 3.6が入りました。

あとは、改めて tensorflowをpipインストールします。
kerasも入れておきましょう。
改めて見るとkerasの方もpythonは3.6までしか対応してないって書いてありますね。
(kerasのドキュメント)


pip install tensorflow
pip install keras

これで再びkerasとtensorflowを使える環境が整いました。

pandas-profilingで探索的データ分析

データ分析をする際に、最初にデータ全体(多すぎる時はサンプルを)を眺めてみるのですが、
その時にpandas-profilingというのを使うと便利なので紹介します。

PyPiのページには見事に何も書かれてません。 
そのため、公式ドキュメントらしいものが欲しい時はリポジトリを見ましょう。

インストール


pip install pandas-profiling

使い方ですが、とりあえず、ボストン住宅価格のデータセットでやってみましょう。


# ライブラリインポート
from sklearn.datasets import load_boston
import pandas as pd
import pandas_profiling as pdp

# データの準備(pandasデータフレームを作る)
boston = load_boston()
df = pd.DataFrame(boston.data, columns=boston.feature_names)

# レポーティング
report = pdp.ProfileReport(df)
report # jupyter notebookuで実行すると、notebook上に表示される。
# ファイル出力
report.to_file("boston.html")

これで、下のhtmlファイルが出力されます。
なお、jupyterで表示した場合も同じ見た目です。
boston

各特徴量のデータ型や分布、欠損値や相関係数などがまとまって出力されて非常に便利です。

ただ、便利すぎて、これだけみて何かすごい分析をやったような気がしてしまうことがあるのでそこだけは注意しています。

20ニュースグループのテキストデータを読み込んでみる

職場にはテキストデータは大量にあるのですが、自宅での学習で自然言語処理にについて学ぼうとすると途端にデータ不足に悩まされます。
そんなわけで青空文庫からデータを持ってくるような記事をこのブログに書いているのですが、
実はscikit-learnの付属のデータセットにもテキストデータはあります。(ただし英語)

Tfidfや、word2vecを動かしてみるには十分なので、それの取得方法を紹介します。
ドキュメントはこちら。
sklearn.datasets.fetch_20newsgroups

インポートして、引数でsubsetを指定することで訓練データとテストデータを入手できます。未指定だと訓練データのみです。両方一度に入手するためにはsubset="all"を指定する必要があります。
僕は始めはそれを知らず引数なしで実行して、訓練データを2つに分けて使ってました。


from sklearn.datasets import fetch_20newsgroups
twenty_train = fetch_20newsgroups(subset="train") # 引数省略可能。
twenty_test = fetch_20newsgroups(subset="test")
# trainとtestを同時に入手したい時は  subset="all" を指定。

# 件数の確認
print(len(twenty_train.data)) # 11314
print(len(twenty_test.data)) # 7532

初回実行時にダウンロードされ、data_home で指定したパスか、デフォルトでは~/scikit_learn_dataにデータが保存されます。
そのため、1回目だけは時間がかかりますが、2回目からは高速です。

twenty_train と、 twenty_test には辞書型で各情報が入ります。
twenty_train.keys()を実行すると、
dict_keys(['data', 'filenames', 'target_names', 'target', 'DESCR'])
と出ます。

DESCR にデータの説明、 target_namesに各ニュースグループの名前が入っているので、それぞれ一度は見ておくことをお勧めします。


# 出力
['alt.atheism',
 'comp.graphics',
 'comp.os.ms-windows.misc',
 'comp.sys.ibm.pc.hardware',
 'comp.sys.mac.hardware',
 'comp.windows.x',
 'misc.forsale',
 'rec.autos',
 'rec.motorcycles',
 'rec.sport.baseball',
 'rec.sport.hockey',
 'sci.crypt',
 'sci.electronics',
 'sci.med',
 'sci.space',
 'soc.religion.christian',
 'talk.politics.guns',
 'talk.politics.mideast',
 'talk.politics.misc',
 'talk.religion.misc']

普段は、 data に入ってるテキストデータの配列と、正解ラベルであるtargetをつかえばOKだと思います。

このほか、BoWに変換済みの、 fetch_20newsgroups_vectorized というのもありますが、
あまり使う機会はないのではないかなぁと思います。
学習目的であれば、前処理なども自分で経験したほうがいいと思うので。

ちなみに、scikit-learnのチュートリアルには、
このデータセットを用いて、tfidfとナイーブベイズでモデルを作るものがあります。
Working With Text Data
(このページは見ていませんでしたが、)僕も自然言語処理を始めたばかりの頃、全く同じような内容で勉強をスタートしたので、非常に懐かしく思いました。
その時の試したファイルはあるので、そのうちこのブログにもまとめ直します。

データから確率分布のパラメーターを推定する

データから、そのデータを生成した背景にある確率分布を推定したいことはよくあります。
正規分布やポアソン分布を仮定するのであれば、簡単ですが、多くの分布では結構面倒です。
そこで、scipyのstatsにある、fitとという便利な関数を使って最尤推定します。

今回はベータ分布を例に取り上げます。
公式ドキュメントはここです。
scipy.stats.rv_continuous.fit
ここ、ベータ関数を使ったサンプルも乗ってるんですよね。
初めて読んだ時はもっと早く読めばよかったと思いました。

それでは、真の分布を設定して、そこからデータを生成し、パラメーターを推定してみます。


# モジュールのインポート
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import beta

# これから推定したい真の分布
frozen_beta_true = beta.freeze(a=3, b=7, loc=-2, scale=4)
# 真の分布に従うデータを生成
data = frozen_beta_true.rvs(500)

# データから最尤推定 (全パラメーター)
fit_parameter = beta.fit(data)
print(fit_parameter)
# 出力
# (2.548987294857196, 4.380552639785355, -1.946453704152459, 3.1301112690818194)

bの値と、scaleがちょっと乖離が大きいかなと感じられるのですが、
結構妥当な値が推定できました。

経験上、ベータ分布を使いたい時は、取りうる値の範囲が決まっていることが多いです。
そのため、locやscaleは固定して推定を行いたいのですが、
その時は、パラメーターにfをつけて、fitに渡すと、
それらのパラメーターは固定した上で残りを推定してくれます。


# データから最尤推定 (loc と scaleは指定する)
fit_parameter = beta.fit(data, floc=-2, fscale=4)
print(fit_parameter)
# 出力
# (3.1998198349509672, 7.4425425953673505, -2, 4)

かなり真の値に近い結果が出ました。
最後に推定した確率分布の確率密度関数を可視化してみましょう。


# 推定したパラメーターで確率分布を生成
frozen_beta = beta.freeze(*fit_parameter)

# 可視化
plt.rcParams["font.size"] = 14
x = np.linspace(-2, 2, 51)
fig = plt.figure(figsize=(8, 5))
ax = fig.add_subplot(1, 1, 1, xlim=(-2, 2), title="scipyによる最尤推定")
ax.plot(x, frozen_beta_true.pdf(x), label="真の分布")
ax.plot(x, frozen_beta.pdf(x), label="推定した分布")
ax.hist(data, bins=30, alpha=0.7, density=True, label="サンプルデータの分布")
ax.legend()
plt.show()

出力されたのがこちらの図です。
うまく推定されているように見えますね。

pythonを触り始めたばかりの頃は、scipyをうまく使えず、
確率分布はnumpyでスクラッチで書いて、この種の推定もゴリゴリ自分で実装していました。
(かなり効率の悪いアルゴリズムで)
fitを知ってからも、しばらくは4つの戻り値のどれがaでどれがlocなのかよくわからなかったり、
locやscaleを固定する方法を知らず長いこと敬遠していたのですが、
ちゃんとドキュメントを読めば全部書いてあるものです。

サーチコンソールに登録する

まだほんの数名のようですが、このブログにも検索から来てくださる人が現れ始めたようです。

今の所、手元のメモ書きを適当に転記して記事にしているような状態なのですが、
ニーズのある記事を優先して上げたほうがいいと思いますのでどんなキーワードで検索されているのかは確認したいところです。
ということで、サーチコンソールを使い始めました。

以下が導入手順です。

    1. サーチコンソールのサイトにアクセス
    2. 今すぐ開始 ボタンをクリック
    3. Google Search Console へようこそのダイアログにサイトURL入力(https://analytics-note.xyz/)
    4. プロパティを追加ボタンをクリック

本当はこの後、サイトの所有権を確認して登録完了の予定だったのですが、
次のメッセージが表示されて自動的に登録完了しました。
同じアカウントでGAを使っていると自動的に確認してくれるようです。

所有権を自動確認しました
確認方法:
Google Analytics

ただし、次のメッセージも表示されたので念のためやっておきます。

確認状態を維持するために、gtag.js トラッキング コードを削除しないでください。
確認状態を維持するために、設定 > 所有権の確認 で複数の確認方法を追加することをおすすめします。

設定 > 所有権の確認 > HTMLタグ
と選択すると、下記のタグが表示されます。


<meta name="google-site-verification" content="ここにキーが表示される"/>

このキーの部分をWordpressの All in One SEO Pack の Google Search Console: の設定に追加して完了です。

BeautifulSoupを使って不要なタグとルビを取り除く

以前の記事で、青空文庫から取得したテキストの文字化けを治しました。
次は、不要なタグを除去します。

正規表現でやってしまえば早いのですが、せっかくなので、BeautifulSoupの使い方の確認も兼ねてこちらを使ってみました。

前提として、
htmlという変数に、銀河鉄道の夜のページのソースが入っているものとします。


# ライブラリのインポートと、soupオブジェクトへの変換
from bs4 import BeautifulSoup
soup = BeautifulSoup(html)

soup.find([タグ名]) や、 soup.find(class_=[class名])で、中のタグを指定することができます。
さらに、get_text()関数を使うと、タグを取り除いた文字列が表示されます。
これで div や h1,h2,…や、a,brタグなど不要タグはほぼほぼ除去できます。
ついでに、不要な前後の空白をstrip()で取り除いて、
300文字を表示してみましょう。


print(soup.find(class_="main_text").get_text().strip()[:300])

# 結果
一、午后(ごご)の授業

「ではみなさんは、そういうふうに川だと云(い)われたり、乳の流れたあとだと云われたりしていたこのぼんやりと白いものがほんとうは何かご承知ですか。」先生は、黒板に吊(つる)した大きな黒い星座の図の、上から下へ白くけぶった銀河帯のようなところを指(さ)しながら、みんなに問(とい)をかけました。
 カムパネルラが手をあげました。それから四五人手をあげました。ジョバンニも手をあげようとして、急いでそのままやめました。たしかにあれがみんな星だと、いつか雑誌で読んだのでしたが、このごろはジョバンニはまるで毎日教室でもねむく、本を読むひまも読む本もないので、なんだかどんなことも

さて、残りは 午后(ごご) などのルビです。

これも不要なので取り除きます。
該当部分のソースコードを見ると、下記のように、ruby, rb, rt, rpの4つのタグがあります。
このうち、 rubyとrbは、タグの中身は残したいので、get_text()で取り除けば十分ですが、rbとrtはタグとその中身を消す必要がります。


一、<ruby><rb>午后</rb><rp>(</rp><rt>ごご</rt><rp>)</rp></ruby>の授業

それには、decompose関数を使用します。


for tag in soup.findAll(["rt", "rp"]):
    # タグとその内容の削除
    tag.decompose()

参考ですが、タグだけを消して、中身を残す時はunwarpを使います。
(昔はreplaceWithChildrenという名前だったメソッドです。pep8対応のためにリネームされたとか。)
hxタグとかbrタグとか、これを使って消してたこともあるのですが、get_text()を使うようになっていらなくなりました。

これで取り除けたはずなので、もう一度本文を表示します。


print(soup.find(class_="main_text").get_text().strip()[:300])

# 結果

一、午后の授業

「ではみなさんは、そういうふうに川だと云われたり、乳の流れたあとだと云われたりしていたこのぼんやりと白いものがほんとうは何かご承知ですか。」先生は、黒板に吊した大きな黒い星座の図の、上から下へ白くけぶった銀河帯のようなところを指しながら、みんなに問をかけました。
 カムパネルラが手をあげました。それから四五人手をあげました。ジョバンニも手をあげようとして、急いでそのままやめました。たしかにあれがみんな星だと、いつか雑誌で読んだのでしたが、このごろはジョバンニはまるで毎日教室でもねむく、本を読むひまも読む本もないので、なんだかどんなこともよくわからないという気持ちがするので

綺麗にルビが消えました。

t-SNEでDigitsを次元圧縮して可視化してみた

特に意図はないのですが、これまで高次元のデータを次元削減して可視化する時はPCAをよく使っていました。
基本的には線形変換なので、非線形な構造を持ってるデータはうまく特徴を捉えられません。
(それはそれで確認する意味があると思いますが。)

最近は、t-SNEという手法を使っている人が多いようなので、やってみたメモです。
irisだとPCAで十分うまく次元削減できてしまうので、今回はdigitsを使います(8*8の手書き数字画像データ)

t-SNEの論文

t-SNE自体の実装は、scikit-leearnを使います。
ドキュメントはここ


# ライブラリインポート
from sklearn.datasets import load_digits
from sklearn.manifold import TSNE
import matplotlib.pyplot as plt

# データ準備
digits = load_digits()
X = digits.data
y = digits.target

# t-SNEの実行
tsne = TSNE(n_components=2)
X_tsne = tsne.fit_transform(X)

# 可視化
x_max, x_min = X_tsne[:, 0].max() * 1.05, X_tsne[:, 0].min() * 1.05
y_max, y_min = X_tsne[:, 1].max() * 1.05, X_tsne[:, 1].min() * 1.05
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = fig.add_subplot(1, 1, 1, xlim=(x_min, x_max), ylim=(y_min, y_max))
ax.set_title("t-SNE")
for i, target in enumerate(y):
    ax.text(X_tsne[i, 0], X_tsne[i, 1], target)
plt.show()

これを実行して表示される画像がこちらです。

一部、変なところに分類されている数字があったり、1が複数のグループに分かれていたりするところはありますが、
非常に見事に分類できています。
これを好んで使う人がいるのも納得です。
高次元のデータの可視化のツールとして提唱されているだけはあります。

ちなみに、PCAで2次元に圧縮したのがこれ。

t-SNEと全く違う結果になっていますね。
(だからといって、PCAという手法自体が劣るというわけではないので注意です。)

pipでライブラリをアップデートする

pipの使い方メモです。

まず、インストール済みのパッケージについての情報は pip list で確認できます。
更新版があるパッケージのみ出力するオプションは -o または --outdatedです。


$ pip list --outdate
Package Version Latest Type
------------------ --------- ---------- -----
alabaster 0.7.11 0.7.12 wheel
astroid 2.0.4 2.1.0 wheel
astropy 3.0.4 3.1.1 wheel
beautifulsoup4 4.6.3 4.7.1 wheel
bleach 2.1.4 3.1.0 wheel
bokeh 0.13.0 1.0.4 sdist
certifi 2018.8.24 2018.11.29 wheel
click 6.7 7.0 wheel
~~~ 以下略 ~~~

アップデートしたいパッケージを決めたら、
pip install に、
 -U か --upgrade のどちらかのオプションをつけてパッケージを指定し実行するとアップデートできます。

例:


$ pip install --upgrade scikit-learn